旧地球历公元3187年，克隆人统治地球后的30年，克隆人历法新地球克隆历虫纪元30年，克隆人已经牢牢的控制住了地球的统治权并将人类的反抗完全的镇压，克隆人已经完全的收服了月球以及金星、水星、火星等近地行星，人类完全沦为了克隆人的奴隶以及实验体，但由于克隆人首领主上基因中存在明显的人格缺陷而造成了现在的他已经完完全全地成为了一个暴君，克隆人内部也形成了等级森严的阶级体制，共分为五大阶级：第一阶级天民圣尔曼、第二等级上民昆塔莎、第三等级下民塞斯、第四等级尘民因纽特，天民与上民是完美的克隆体位于统治地位而下民与尘民由于制造过程中造成了基因的不完整而只能沦为低等生命体从事着最下贱的工作而且永无翻身之日，他们的地位只比作为奴隶的人类略强，再进行基因变形的调试时，天民与上民也往往变形成诸如螳螂、蝎子等位于食物链顶端的高等虫类，而下民与尘民却只能选择苍蝇、兵蚁、跳蚤等下级虫类，更有一群处于完全虫子形态无法复原人类个体的完全失败克隆体被丢弃于水星之上，由他们天生的对于恶劣环境的抵抗力来完成即使是作为奴隶的人类都无法很好完成的任务，这群人被称为第五等级垃圾，久而久之克隆人中下等三民们对于上等统治者们的积怨也越来越深。
人类虽然已经完全失去了地球乃至半个太阳系的统治权，但是仍有少部分人类以原始地球地核炙热的岩浆为保护伞进行着反抗克隆人统治的战争，这群人的领袖正是当年联合国机动部队第五纵队队长现年70岁的克里斯，然而现实是残酷的，由于上层通知的克隆人有意关闭了向地下疏通能源的通道，并断绝了所有地球最底层通向地上的通道而造成这部分人类抵抗军的生存出现了极大的问题，无奈下克里斯只能下令撤出地球，他们将会乘坐仅存的传送舱通过历经15年建造的且仅能运行一次的虫洞大回环前往太阳系的边界还没在克隆人控制之下的冥王星以图反扑，但运行大回环需要大量的氢能源，由此克里斯派出以扎克、鲍勃以及史巴图三人组成的小分队通过手工隧道前往地球第三层能源库偷取氢能源，为防止意外三人分别做了克隆人伪装于午夜出发了。
打开秘密隧道出口，扎克首先探出头来没发现异常便小心翼翼的爬出隧道向着身后招了招手，隧洞中的鲍勃与史巴图看到扎克的信号正准备向隧道外走却发现扎克的手势突然变成了“等一下”，两人迅速停住了脚步并保持身体静止，隧道外两名克隆人巡逻兵正向着扎克的方向走来，而扎克则急中生智的站起身从背后掏出爆能狙击枪装作巡逻的样子，两名克隆士兵面无表情的与扎克擦肩而过，扎克也装作很坚定的坚守岗位的样子，就当扎克认为危机解除之时，克隆巡逻兵随身的警报器突然想起，紧跟着两名克隆人一同回身举起突击爆能枪对准扎克。
“请亮明身份！”一名克隆巡逻兵完全没有抑扬顿挫的问到。
此时扎克正疑问自己：“哪里出现的破绽，令他们会发现自己的身份？”但听到了克隆人的问话，扎克不慌不忙的举起左臂撸起了袖子显露出位于左臂上的身份码，克隆巡逻兵中的一人来到扎克面前打开扫描仪对扎克的身份码进行扫描并没有发出发现异常而报警的声音，扎克长吐了一口气，但克隆巡逻兵手中的武器突然发出警报并大叫着：“非法武器，非法武器……”，两名士兵立即对着扎克展开射击，扎克赶忙就地翻滚躲避射击并顺势举起手中的爆能枪准备还击却发现鲍勃与史巴图已经在身后制服了克隆士兵，扎克站起身看了看自己的枪想了想说：“克里斯指挥官的预测是对的，我们必须要离开地球了，我们已经无法通过伪装来骗过克隆人的眼睛了。”史巴图捡起两支克隆人巡逻兵的枪将其中一支递给了鲍勃说：“眼下应该不会碍事了！”
“这枪是卡洛斯大叔的那支？”鲍勃突然看到了扎克手中的狙击枪问到，扎克点点头回答：“是师父的！”
“看来，他认为你彻底的出徒了！”鲍勃开着玩笑，扎克笑着回答：“希望如此吧！”
“不过眼下咱们必须要想好如何让它通过克隆人的眼睛！”史巴图指了指扎克的狙击枪，鲍勃笑了笑说：“好办，由他远程掩护！”听了这话史巴图点点头说：“就这样将计就计了！”扎克看了看自己的枪想要说什么可又将话咽了下去而换做点点头。
一处悬浮灯塔，扎克利用虫洞来到它的顶棚之上，掏出狙击枪趴好向着地面上的鲍勃与史巴图挥了挥手，意思是自己已经准备就绪。
地面上的两人看见了扎克的信号猫着腰小心翼翼的摸索着来到了重兵把守的储存了大量原始氢棒的能量贮藏库，只见此时在仓库外虽不见几名克隆士兵，但利用先进的机械与光能系统已然将它来了个全方位立体防护，不过鲍勃与史巴图既然是来盗取氢棒的那么就一定会有应对的方法，两人首先就近找到了一处下水道入口趁看守不备钻入其中，由于是防守重镇即使是下水道也被布置了严密的防护，纵横交错的光能防护网就连一只苍蝇都飞不进去，一旦有异物触碰到光能线便会被直接割碎，然而两人利用特制的镜子却轻而易举得便穿过了光能防护网直接不费吹灰之力的进入了贮藏库房，鲍勃打开手腕上的虚拟显示计时器将时间调整为30秒倒计时对着史巴图打出oK的手势，史巴图随即打开微型虫洞依次将面前的氢棒逐一顺入虫洞，很快30秒倒计时所剩无几，鲍勃赶忙向史巴图打出关闭虫洞的手势，史巴图随即关闭。鲍勃的手表紧跟着是10秒倒计时，很快数字走过又转换为30秒倒计时，史巴图再次打开虫洞又迅速的逐一向虫洞中顺入氢棒，就这样交替开启与关闭虫洞很快半屋子的氢棒被送入虫洞，看着如此多的能源棒被送往人类反抗军的基地，史巴图与鲍勃越来越兴奋，兴奋地已然忘记30秒的倒计时，虫洞的打开时间刚超过5秒顿时其散发的能量场引发了能量仓库防护网的感知警报声立即四起，霎时间大量的克隆人士兵以及大量的防护机器人涌向仓库。
趴在悬浮灯塔之上扎克大叫“不好”，立即将爆能狙击枪的能量推到最大对着克隆人最集中的地方就是一枪直接便在其中爆炸开来，克隆人士兵一时间死伤无数，防护机器人也被炸掉不少，一部分士兵赶忙掉头在防护机器人的指引下发现了扎克，对着他便是乱枪扫射，扎克赶忙翻身躲闪，由于灯塔之上的地方太小令他直接翻落而下，在空中扎克赶忙打开虫洞是自己掉入虫洞之中随即虫洞关闭。正当追击扎克的克隆人与机器卫兵四处寻找他之时，在士兵们身后，围向能量储藏仓库的士兵之前扎克的虫洞突然打开，跃出虫洞的扎克扔出了全身携带的所有手榴弹随后又跳入虫洞，随着手榴弹的爆炸再次掀翻大量的士兵与机器卫兵，追击扎克的克隆人士兵们赶忙调转枪口哪知史巴图与鲍勃突然从他们身后迅速打开的虫洞中杀了出来，一通扫射再被被击毙击伤无数，虽然略占上风但此时鲍勃等的虫洞却被机器卫兵击中发生爆炸导致他手腕上的虫洞手表也随之爆炸，鲍勃的手腕瞬间被炸伤。
同伴被炸伤，自己的子弹数量又严重不足，史巴图掏出基因变形血清便注入到了自己的颈动脉瞬间变形成大型棕熊类生物杀向克隆人士兵群，警觉的克隆人们直接自由变形为大齿猛蚁群，向史巴图展开围攻，棕熊史巴图虽然力量强大但终究好狗架不住群狼在蚁群的攻击下而渐渐败落下风，就在这危急关头他的头顶突然打开一道虫洞，正处于向着蝙蝠变形过程中的扎克冲出了虫洞，两只后爪紧紧抓住史巴图与鲍勃的手臂使劲一扯将他们带到了空中，又使劲一甩将他们先后甩向远处，同时打开虫洞让史巴图与鲍勃直接摔进虫洞，不远处另一群克隆人士兵直接变形成了带翅膀的飞蚂蚁扑向扎克，扎克在关闭虫洞之后再转身应付飞蚂蚁群可为时已晚，他直接被飞蚂蚁们扑落在地，随即被天空中与地面上的蚂蚁群死死的困住，起初蝙蝠扎克还着手还击，十数只蚂蚁应声毙命，但很快他便寡不敌众起来，逐渐淹没在蚂蚁群当中。
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